Placé sous le signe de la qualité, le vignoble est travaillé de manière traditionnelle, sans désherbage chimique. La lutte phytosanitaire fait appel aux prédateurs naturels et à l'implantation d'écosystèmes, plutôt qu'à l'emploi d'insecticides.
Dans une démarche de respect de la vigne et du terroir, l'ensemble du vignoble est actuellement en conversion biologique. Le respect scrupuleux de cet engagement écologique permettra au Château Quercy de bénéficier de l'Appellation Biologique Certifiée pour son millésime 2012.
Durant la saison, un contre ébourgeonnage est effectué après les risques de gelées, ainsi qu'un effeuillage côté levant dès la nouaison, puis un éclaircissage. Au mois d'août sont pratiqués un effeuillage côté couchant pour favoriser le mûrissement des raisins, ainsi qu'une vendange verte afin d'éliminer les grappes tardives et obtenir une vendange homogène et une maturation uniforme des raisins.
Les vendanges sont exclusivement manuelles. Chaque parcelle est vendangée séparément pour respecter la typicité du terroir. De même, les différents cépages sont récoltés par passages successifs en fonction de leur maturité.
La vendange est récoltée en petites cagettes et triée une première fois pour éliminer les feuilles. La vendange est ensuite égrappée sans subir de foulage, puis déposée sur une table de tri, où l'on supprime toute matière étrangère à la baie de raisin, afin de ne garder que des fruits parfaitement mûrs et sains. L'encuvage s'effectue par convoyage, sans pompage.
Le démarrage de la fermentation alcoolique se fait naturellement sans adjonction de levures, afin de favoriser les caractéristiques de chaque parcelle et de chaque cépage. Les techniques utilisées pour l'extraction sont diverses, soit par remontage, soit par pigeage manuel.
Les fermentations alcooliques durent entre 15-20 jours, puis une macération d'environ 2 à 4 semaines selon les cuves. Pour la fermentation malolactique, une partie des vins est directement entonnée dans des fûts neufs de 225 litres ; une autre partie des vins fait sa deuxième fermentation en cuve sous marc immergé.
Les vins sont ensuite élevés en barriques de chêne merrain pendant 15 à 18 mois selon les années, avec bâtonnage régulier et apport d'oxygène.
En cours d'élevage, les vins sont progressivement assemblés pour définir :
Château Quercy, Grand Cru Saint-Emilion (Premier vin)
Château Graves de Peyroutas, Grand Cru Saint-Emilion (Second vin)
La mise en bouteille a lieu au château à petite cadence entre 800-1000 bouteilles par tête de bouchage.
Les bouchons provenant du Portugal et d'Espagne sont sélectionnés en fonction de la régularité du liège.
Les bouteilles sont stockées un à deux jours debout avant d'être couchées, de façon à éliminer toute coulure.